2η Περίοδος: Θεσσαλονίκη
Η επόμενη μέρα ξημέρωσε για τον ΦΣΑ στη Θεσσαλονίκη. Εκεί ο σύλλογος ανασυστάθηκε άμεσα. Από το 1924 εξέλεξε το νέο του Συμβούλιο, τροποποίησε το καταστατικό και άρχισε τις ενέργειες για απόκτηση μόνιμης στέγης, ανασύστασης της βιβλιοθήκης, περισυλλογή κειμηλίων και άλλων αντικείμενων αξίας, αλλά κυρίως την αποκατάσταση των προσφύγων. Μέχρι και το 1979 τα Διοικητικά Συμβούλια του Συλλόγου και ιδιαίτερα οι Πρόεδροί του πάσχιζαν να βρουν λύσεις για το στεγαστικό, τη διάσωση της Βιβλιοθήκης –που στο μεταξύ κατάφερε να ανασυγκροτήσει- εν μέσω απατηλών υποσχέσεων του κράτους, πολιτικού διχασμού των μελών του, αλλά και εν μέσω αντικειμενικών δυσχερειών που επέβαλε ο 2ος Παγκόσμιος Πόλεμος και η συνακόλουθη γερμανική Κατοχή (1941-1945). Το 1979 όμως με τη σημαντική οικονομική ενίσχυση του Λουκά Φιλιππίδη αποκτήθηκε ένα διαμέρισμα στην οδό Αρχαιολογικού Μουσείου 14, όπου και στεγάστηκαν επιτέλους μαζί όλα τα βιβλία της σπάνιας Βιβλιοθήκης του Συλλόγου με έγγραφα, φωτογραφίες και ορισμένα κειμήλια . Παρ’ όλα αυτά η πορεία του Συλλόγου μέχρι και το 2010 ήταν φθίνουσα. Τα εγγεγραμμένα μέλη του παρέμεναν μεγάλης ηλικίας και λιγόστευαν, ενώ τα ενεργά του ήταν ακόμη λιγότερα. Βέβαια όσοι λίγοι συνέχισαν τις προσπάθειες για λειτουργία του Συλλόγου είναι αξιέπαινοι. Οι τελευταίες κρισιμότερες αποφάσεις του Συλλόγου ήταν η εκείνη για τη συντήρηση το 2001 όλων των βιβλίων της βιβλιοθήκης από το Πανεπιστήμιο Κρήτης επί προεδρίας Μαρίτσας Παρασκευοπούλου και η ψηφιοποίηση των περισσότερων από αυτά, και η γενναία απόφαση στις 21 Μαρτίου του 2010 επί προεδρίας Δημητρίου Νικολαΐδη για τη μεταφορά της Βιβλιοθήκης στη Νέα Ορεστιάδα και τη σταδιακή μεταφορά και της έδρας του.
